荧光花菁染料是一类有机功能染料，具有摩尔吸收系数高、光谱范围广、摩尔吸光系数大、荧光量子产率较高等特性。花菁染料与现有的其它荧光标记试剂如罗丹明、荧光素相比更具有优越性，花菁染料的类型众多，发光分布在350nm到1200nm的区域中，具有很大的可比性和选择性。它们与生物分子键合后的活性衍生物能同时测试多种物质，有利于简化操作、降低成本。菁染料具有荧光强度大、光稳定性高、灵敏度高、易溶于水等特性，并且用作生物实验时具有大的组织穿透能力和对生物组织损伤小等特点。
菁染料的代表物质CY3、CY5均是常用于分子标记的荧光标记试剂，此类物质由于荧光强度高、稳定性强，广泛用于蛋白、抗体、核酸及其他生物分子的标记和检测。
荧光标记有那些？（以CY3为例部分介绍）
Cy3标记共聚物/聚合物/PEG
Cy3标记多肽
Cy3标记复合物
Cy3标记共聚物/聚合物/PEG
Cy3-PEI   Cy3标记PEI支化聚乙烯亚胺
Cy3-PAMAM   Cy3标记PAMAM树枝状聚合物
Cy3-PLL    Cy3标记PLL聚赖氨酸
Cy3-TPE    四苯基乙烯(TPE)-三甲川花菁荧光染料
Cy3-DIPEG  吲哚环"N"上引入聚乙二醇(PEG)醚链
Cy3-SO3-DIPEG
PLA-PNNUA-Cy3
CY3标记聚乙二醇胺
PEG-PAMAM-Cy3偶联物  聚乙二醇-聚酰胺-胺型树枝状高分子-Cy3偶联物
RGDTAT-PEG-PAMAM-Cy3/MTX复合物
PLGA-PEG-S6-CY3   生物靶向性的纳米载体材料PLGA-PEG-S6-CY3
Cy3标记多肽
Cy3-RGD    Cy3标记靶向癌细胞的多肽RGD
抗癌肽  寡肽分子P-CY3   抗卵巢癌多肽药物
Cy3-AEYLR   Cy3标记小分子肽AEYLR
Cy3-pHLIP Cy3标记低pH插入肽(pHLIP)
ZP-16多肽-Cy3     Cy3标记ZP-16多肽荧光探针
Cy3-HS7肽   Cy3标记HS7肽
Cy3-KCT-W1多肽  Cy3标记肿瘤靶向KCT-W1多肽
Cy3-TCP-1多肽  Cy3标记结肠癌肿瘤靶向多肽
CY3-ZL4     CY3标记特异性结合短肽ZL4
CY3-GX1    CY3荧光标记胃癌新生血管靶向性环肽GX1
CY3标记肾癌特异性配体多肽ZT-2    CY3-ZT-2多肽
CY3标记Dotl1短肽   CY3标记细胞穿膜肽Dotl1
CY3标记MT2-AF5p多肽  特异性靶向多肽
Cy3标记复合物
Cy3荧光标记-吗啡-BSA复合物
Lipo-miRNA96-cy3复合物
Cy3标记的CAP-BSA    氯霉素(CAP)
Cy3标记pp-siRNA/CLDs纳米复合物
sb-cy3-NHS  水溶性磺酸-3-氢-吲哚菁染料
CY3标记壳聚糖—海藻酸盐微球
CY3标记RPM多肽修饰的壳聚糖硬脂酸嫁接物(RPM-CSOSA)
CY3标记的ICAM-NLC/Pro/DNA三元复合物